Wizard fica em Charleston. Depois de ser derrotado, confessa o crime e diz para irem à cidade de Nova Iorque antes de m0rr3r.

Ultron fica em New York City. Ele é responsável por destruir a cidade e causar cheias marítimas. Após a sua derrota, a Wasp avisa para Captain America e Hawkeye irem para cidade de Salt Lake.

Crossbones fica em Salt Lake City. Depois da sua derrota, ele pede ajuda e foge. Ao assistir a derrota do Mandarin, Crossbones avisa Red Skull que Mandarin foi derrotado. A sua luta final e definitiva fica na nave Quincy que ele próprio a invade para impedir com que Captain America e Hawkeye viajem até à Lua para resgatar Iron Man e Vision. Depois de derrotarem Crossbones, Captain America e o Hawkeye aterram até à Lua. Se perderes o combate com Red Skull com eles, enfrentas o Crossbones e o Red Skull novamente.

Mandarin fica na sede dos Vingadores em Avengers Park. Depois de derrotares três mini-chefes, enfrentas o Mandarin a seguir. Depois de o derrotares, ele falece e Crossbones informa que ele foi derrotado pelos vingadores.

Red Skull fica na Lua. Depois de saíres da nave Quinjet até à lua, Wasp resgata o Iron Man e o Vision e inicia a batalha final entre Captain America e o Hawkeye com o Red Skull. Com a derrota do Red Skull, a história do Captain America and The Avengers termina na versão da NES após a falência da Data East.