Orochimaru - Entrou para a Akatsuki mas foi humilhado pelo Genjutsu do Mangekyo Sharingan do Itachi. Saiu da Akatsuki pouco tempo depois. Em criança, os seus pais morreram na Guerra Ninja e foi aluno de Hiruzen Sarutobi, participando na mesma equipa com a Tsunade e o Jiraiya. Ao enfrentarem Salamander e fracassarem, Salamander nomeia Orochimaru, Tsunade e Jiraiya como os Grandes Sannins. Com a obssessão por Jutsus Médicos Proíbidos, Orochimaru juntou-se à Akatsuki temporariamente. Orochimaru tinha prisioneiros como cobaias para as suas experiências laboratoriais e tinha a cada ilha uma fortaleza onde estão os três guardiões: Karin, Suigetsu e Jugo para os proteger, sendo eles todos raptados por Orochimaru em pequenos. Orochimaru é imortal. Sasuke tentou o aniquilar depois de ter sido treinado por ele mas foi insuficiente porque a Curse Mark que deixou no pescoço do Sasuke ajudou a ressuscitar Orochimaru para prevenir com que Sasuke volte a usar Curse Mark novamente para depender dos poderes do Sharingan e posteriormente, Rinnengan. Orochimaru participou na Quarta Guerra Ninja apenas para ajudar a Tsunade que estava ferida em estado grave, envelhecida depois de consumir muito Chakra.  Depois da Quarta Guerra Ninja, Orochimaru criou um filho artificial, chamado Mitsuki que foi colega de equipa da Team 7 com Boruto e Sarada antes do Mitsuki ser sido manipulado por Kawaki e perseguir Boruto para um combate com Sage Mode activado.

Sasuke Uchiha - Entrou para a Akatsuki para realizar a missão para Obito Uchiha para extrair a Bijuu do Killer Bee. Foi um fracasso. Sasuke, Karin, Suigetsu e Jugo foram retirados de urgência depois das coisas se complicarem para eles. Isso gerou a revolta no irmão do Killer Bee, o Killer A, ao fazer um mandato de captura do Sasuke Uchiha. Sasuke derrotou outros membros da Akatsuki como Deidara e o seu irmão Itachi Uchiha (este sendo acusado de m4t4r todo o clã Uchiha a mando do Danzou Kimura (ditador da Konoha) e o Terceiro Hokage, Hiruzen Sarutobi, para impedir um golpe de estado.) Foi derrotado pelo Naruto Uzumaki para acabar com a Quarta Guerra Ninja.  Sasuke é especialista em Raiton e Katon. Sasuke é marido da Sakura Uchiha e tem uma filha, Sarada Uchiha. Sasuke é filho do Fugaku Uchiha e da Miko Uchiha. Sasuke é melhor amigo do Naruto Uzumaki e é mestre do Boruto Uzumaki. Foi derrotado pela Ten Tails e o seu corpo é usado para alimentar a árvore com Chakra. A família do Sasuke foi aniquilada pelo Itachi em criança. Antes do m4ss4cr3, Sasuke era treinado pelo Itachi e aprendeu Fire Release: Fire Style Jutsu com o seu pai, Fugaku Uchiha, um Ninjutsu do Nível Jounin. Sasuke concluiu o exame Chunin com sucesso e ficou Chunin até hoje.

Karin Uzumaki - Foi guardiã de um dos portões que acolhiam prisoneiros para fins de experiências das cobaias pelo Orochimaru. Foi recrutado pelo Sasuke, mas foi detida depois que Sakura Uchiha a captura após a auto-destruição causada pelo Danzou Kimura. Foi enviada para Konoha para investigação. Karin ofereceu-se para ser mordida pela Tsunade para recuperar o seu Chakra até aos 100% para voltar a lutar e voltar à juventude. Karin estava atraída s3xu4lmente pelo Sasuke e queria ficar com ele, só que Sasuke escolheu ficar com a Sakura no final.

Jugo - É bipolar. A sua força é incontrolável quando se sente furioso. Só obedecia ao Sasuke. Foi viajar pelo mundo após o fim da Quarta Guerra Ninja e ainda confunde Boruto como um inimigo e o ataca.

Suigetsu Houzuki - É um dos Espadachins da Névoa. É especializado em Suiton. Suigetsu materializa-se em água para não levar dano físico directo. Depois da Quarta Guerra Ninja, Suigetsu acusa Sasuke de não lhe contar quem é verdadeiramente a mãe da Sarada. Depois Naruto ralhou com Suigetsu depois de salvar Sarada do Shin Uchiha e Karin contou que Sakura é a mãe da Sarada e a Karin é a parteira para ajudar a Sakura dar a luz a Sarada.

Nagato Uzumaki - Foi treinado por um dos Grandes Sannins, Jiraiya, no ambiente de conflito entre aldeias no Mundo Ninja. Nagato e Yahiko criaram a Akatsuki para lutar e fazer o bem para as pessoas. Até que um dia, Nagato, Yahiko e Konan foram manipulados pelo Obito Uchiha, sendo ordenados por ele para enfrentar Salamander. A missão foi um fracasso resultando na morte do Yahiko que se perfurou a si próprio com a Kunai do Nagato. Depois disso, Nagato usou o corpo do Yahiko e dos seus companheiros da Akatsuki em Seis Caminhos de Pain sendo eles dos mais poderosos de toda a Akatsuki. Ao encerrar o confronto na Aldeia Oculta da Chuva, Pain torna-se num Deus. Jiraiya ficou desiludido depois de ver os seus discípulos a se virarem contra ele e depois do confronto, Jiraiya escreveu o código morse nas costas do Fukasatsu que diz "Nenhum dos Pain era o Nagato". Naruto decidiu treinar com Fukasatsu na Montanha Myoboku para acumular experiência, obter o Sage Mode e ficar mais forte para enfrentar os Seis Caminhos de Pain. Naruto teve alguma vantagem sobre os Seis Caminhos de Pain mas teve dificuldade nos últimos três, sendo um dos Pains o principal Yahiko que m4t0u Jiraiya. Hinata Uzumaki foi defender Naruto mas acabou por m0rr34 perfurada pelo bastão de Pain o que levou Naruto a se transformar em Seven Tails. Após o enxerto de porrada que levou Naruto em vantagem, Naruto ficou sem Chakra e voltou à sua forma base. Naruto estudou a fraqueza do Pain e determinados minutos do seu ataque, Naruto atinge o Caminho de Pain de Yahiko com um Rasengan, destruindo-o. Naruto espetou-se num bastão no braço para sentir o Chakra do Nagato pois Naruto tornou-se no Ninja do Tipo Sensorial. Perseguiu Nagato e a Konn ia atacá-lo. Nagato decidiu conversar com Naruto e depois que Naruto quer realizar o desejo da paz no Mundo Ninja, Nagato ficou convencido e ressuscitou as pessoas que m4t0u quando usava os Caminhos de Pain para destruir a aldeia de Konoha. Quando um dos Caminhos de Pain destruiu a aldeia de Konoha com Shinra Tensei, a Tsunade ficou gravemente ferida. Depois de ressuscitar a população de Konoha, Nagato acabou por falecer.

Konan - Foi treinada por um dos Grandes Sanins, Jiraiya, no ambiente de conflito entre as aldeias no Mundo Ninja. Konan juntou-se à Akatsuki mas foi coagida pelo Obito Uchiha para trabalhar para ele usando o nome da Akatsuki para fins maldosos. Depois que a Konan tentou atacar Naruto, Nagato pediu-lhe para conversar com ele. Naruto ganhou a confiança da Konan e ela deu-lhe um ramo de flores de papel feito com Ninjutsu. Depois da Konan abandonar a Akatsuki, confrontou o Obito. Depois de conseguir desfazer a máscara com muitos papéis explosivos, Obito perfurou no peito da Konan. Konan acabou por ser 4ss4ss1n4d4 pelo Obito Uchiha.

Itachi Uchiha - Juntou-se à Akatsuki e humilhou o Orochimaru com Genjutsu que soltou do Mangekyo Sharingan. Itachi juntou-se como Ninja Renegado depois de aniquilar o clã Uchiha, a pedido do Terceiro Hokage, Hiruzen Sarutobi e pelo ditador da Konoha, Danzou Kimura. Itachi ajudou o Kisame a tentar encontrar Naruto para extrair a Kurama mas foram mal sucedidos porque Jiraiya usou o Genjutsu com o poder dos sapos para iludí-los. Depois de conseguirem fugir, Kurenai Sarutobi, Asuma Sarutobi e Kakashi Hatake (Sexto Hokage) foram facilmente derrotados por Kisame e pelo Itachi, respectivamente. Itachi teve o seu corpo usado por Yura, o traidor da Sungakure, de quem Naruto o m4t0u por usar o corpo de Itachi na tentativa de resgate do corpo do Gaara que teve a Shukaku extraída do Gaara e do Sasori. Itachi confrontou o Naruto e coagiu para não encontrar Sasuke e ainda o chama de infantil depois de colocar Genjutsu no Naruto. Itachi enfrentou o Sasuke no castelo dos Uchihas para um combate m0rt4l. Sasuke ficou em vantagem por muito tempo e depois de executar Kirin, Itachi protegeu-se com Susanoo e aproximou-se do seu irmão. Itachi sofria de uma doença prolongada que o fazia vomitar sangue, resultando na perda de energia, devido ao consumo excessivo de Chakra com o Mangekyo Sharingan por muito tempo. Itachi desactivou o Susanoo, tocou-lhe na testa a dizer "Amo-te. Até uma Próxima", e caiu m0rto no chão. Sasuke esteve de luto pela m0rt3 do Itachi e começou a investigar o que fez Itachi aniquilar o seu próprio clã encontrando respostas pelo Hiruzen, pelo Tobirama e pelo Hashirama que foi Hiruzen e Danzou responsáveis por aniquilar o clã Uchiha para prevenir um golpe de estado preparado por Fugaku Uchiha. Itachi foi reanimado temporariamente até ajudar Sasuke a enfrentar Kabuto Yakushi que tinha obtido os poderes do Orochimaru para desbloquear e activar Sage Mode contra eles. Itachi e Sasuke venceram Kabuto e depois que Itachi usou o Izanami no Kabuto para o paralisar até admitir os crimes que cometeu, Itachi desapareceu para sempre. Sasuke despediu-se do Itachi pela última vez antes de participar na Quarta Guerra Ninja e Itachi conseguiu convencer Kabuto para fazer o bem e proteger Sasuke de qualquer situação.

Kisame Hoshigaki - Juntou-se à Akatsuki depois de ver a sua aparência humana mudar para um peixe depois de combinar com uma Bijuu criado por ele para se tornar numa Bijuu em vivo. Kisame invadiu Konoha e ajudou Itachi a derrotar Kurenai, Kakashi Hatake (Sexto Hokage) e Asuma Sarutobi num combate que decidia encontrar Naruto para extrair a Kurama para a Akatsuki. Kisame foi rival do Might Guy, que foi facilmente vencido poucas vezes. Depois de ser capturado, Kisame usou um Ninjutsu que invocou um peixe como forma de tentativa de su1c1d10 para prevenir com que os ninjas de Konoha extraiam informações confidenciais da Akatsuki como plano secreto para dominar o Mundo Ninja. Kisame deu razão ao Itachi que independentemente no que fazia, ele não se sentia um lixo.

Deidara - Juntou-se à Akatsuki para fazer reconhecer a sua arte com plasticina como uma arma ninja. Deidara juntou-se ao Sasori para derrotar e capturar a Shukaku do Gaara mas depois, Deidara foi derrotado pelo Naruto e pelo Kakashi. Deidara escapou mas encontrou Sasuke que depois o enfrentou num combate m0rt4l. Depois de Deidara ser humilhado pelo Sasuke, Deixara activou um Ninjutsu proibido com plasticina para activar uma bomba de auto-destruição para levar Sasuke junto com ele. A auto-destruição falhou resultando na m0rt3 do Deidara. Deidara foi reanimado e derrotado posteriormente.

Sasori of the Sand - Sasori perdeu os seus pais na Guerra Ninja. Foi cuidado pela sua avó Chiyo. Depois da Chiyo criar as marionetas em homenagem aos pais de Sasori, Sasori converteu-se também numa marioneta. Sasori escondia-se dentro da marioneta chamada Hiruko, que tinha uma causa que se espetar no adversário, o adversário pode ficar envenenado e não haver antídoto para o salvar. Depois de confrontar Kankuro, Hiruko envenenou-o e deixou-o em estado grave. Sakura foi chamada com todos os ingredientes necessários para extrair o veneno directo do Kankuro para o salvar. Depois de capturar a Shukaku, Sasori separou-se do Deidara e com a marioneta do Hiruko, foi forçado a lutar com Sakura e com a Chiyo em conjunto. Destruíram a marioneta do Hiruko e Sasori revelou-se como uma marioneta viva. Invocou várias marionetas, A Sakura tinha imensas dificuldades apesar de melhorar o seu Taijutsu, mas injectou-se com seringas para recuperar as suas forças para não ficar sem Chakra a meio do combate. A Chiyo conseguiu usar um Ninjutsu para manipular a Sakura para conseguir desviar dos ataques e atacar Sasori sucessivamente. Sakura conseguiu desviar com a ajuda da Chiyo e a Chiyo invocou as suas marionetas para contra-atacar Sasori. O que aconteceu no final foi que as marionetas dos pais do Sasori espetaram no peito do Sasori no peito causando m0rt3 imediata, mas satisfeito por voltar a ver os seus pais pela última vez antes de m0rr3r. Sasori foi depois reanimado e derrotado.

Kakuzu - Foi o responsável por criar um Ninjutsu Proibido que acrescenta mais três corações para ficar com quatro. Cada coração tinha um elemento do qual Kakuzu se especializa: Katon, Suiton, Raiton e Mokuton. Foi o responsável por tentar cometer o h0m1c1d10 do Hashirama Senju, mas sem sucesso. Kakuzu viveu durante séculos, muito antes da Terceira Guerra Ninja ter começado. Kakuzu foi parceiro do Hidan e juntos conseguiram derrotar Azuma Sarutobi. A Team Asuma juntou-se para se vingar do Kakuzu e do Hidan, mas chegaram Naruto e Yamato para os ajudar. Kakuzu separou-se do Hidan para enfrentar Naruto pessoalmente. Depois de Kakuzu ser surpreendido com um Ninjutsu Proibido, Fuuton: Rasen-Shuriken, do Naruto, Kakashi eliminou o último coração que Kakuzu possuia, com um Raikiri, acabando com ele.

Hidan - Praticante da religião de Jashin, Hidan é muito lento mas utiliza o sangue dos seus adversários para perfurar a si mesmo mas em vez de se ferir, o adversário fica ferido e m0rr3 no procedimento. Hidan foi o responsável pela m0rt3 do Asuma Sarutobi. Shikamaru distraiu o Hidan para lutarem a sós, obrigando-o a separar-se do Kakuzu. Após uma luta difcíl, Hidan, apesar da sua imortalidade, tem o seu corpo desfeito em pedaços com os papéis explosivos, kunais e por último, o isqueiro que Asuma usava para fumar cigarros, pela última vez. Hidan foi enterrado vivo e nunca mais foi visto.

Obito Uchiha - Foi líder da Akatsuki e manipulou Yahiko, Konan e Nagato de trabalharem para ele, usando a Akatsuki como organização do mal. Obito era classificado como o pior aluno da escola, mas despertou o Sharingan depois que ajudou Kakashi de enfrentar os ninjas de Tsuchigakure. Obito deu um dos seus olhos ao Kakashi e com isso, Kakashi ficou conhecido como Ninja Copiador, ao estudar e imitar mais de 1000 técnicas e ainda usar Sharingan. Obito m4t0u Konan depois de ser traído por ela e invadiu o quarto numa casa de férias onde Naruto se instalou depois de se sentir mal com ansiedade (após saber que Sasuke se tornou no Ninja Renegado e que tentou m4t4r o Killer Bee). Obito avisou que Naruto não tente resgatar Sasuke por este seguir o seu caminho para a destruição. Depois que Obito se faz passar por Madara Uchiha, Naruto não desiste da sua missão de salvar Sasuke e parar a Guerra Ninja antes que as situações pioravam. Antes da reuniao dos cinco Kages, Obito eliminou os Ninjas que protegiam o ditador Danzou Kimura e salvou Sasuke da auto-destruição iniciada pelo Danzou. Obito também salvou Sasuke do confronto com Naruto, Sakura e Kakashi e quase cego, Sasuke foi levado pelo Obito para a cirurgia, preparando-o para a Quarta Guerra Ninja iniciada por ele. Na sua juventude, Black Zetsu e White Zetsu treinaram Obito para se tornar mais forte e Madara avisou que foi quem Kakashi que m4t0u a Rin ao perfurar o Raikiri no seu peito, gerando enorme revolta dentro do Obito. Obito tentou sair mas sem sucesso. Madara pede a Obito para herdar o nome de Madara Uchiha e mais tarde, Obito, guiado pelo Black Zetsu e White Zetsu, assaltou Konoha e mascarado, enfrentou o seu mestre, Minato Namikaze (pai de Naruto e Quarto Hokage). Obito sofreu um Flying Raijin Level 2 nas suas costas e foi forçado a invocar uma parte da Kurama para atacar a aldeia, causando a m0rt3 dos pais do Iruka, do Minato e da Kushina (pais do Naruto). Depois que Minato e Kushina foram 4ss4ss1n4d0s pelo Obito, eles contactaram o Naruto por telepatia no mundo espiritual para que Naruto encontre e enfrente o Obito. Naruto enfrentou o Obito e conseguiu desfazer-lhe a máscara. A primeira vez foi a Konan que desfez a máscara do Obito. Obito foi para a campa do Nagato e invadiu o seu corpo para roubar os olhos do Rinnengan para ele. Obito conseguiu extrair todas as 9 Bijuus e tornou-se no Ten Tails, responsável por m4t4t Neji Hyuga e os pais do Shikamaru, da Ino e do Choji. Obito foi forçado a lutar com Kakashi noutra dimensão no que resultou em empate entre eles. Naruto avançou e convenceu o Obito para se virar para o lado do bem e fazer um acto heroico ao fazer Obito confiar no Naruto para trazer a paz no Mundo Ninja. Obito virou para o lado do Naruto e ajudou a enfrentar o Madara. Depois que Obito foi 4ss4ss1n4do pelo Madara, Naruto ressuscita-o. Depois que Madara foi traído pelo Black Zetsu, Obito ajudou a Team 7 e o Kakashi a enfrentar Kaguya. Kaguya 4ss4ss1n0u o Obito, mesmo que lhe tenha restado pouco tempo de vida. Obito confiou na Team 7 e no Kakashi e deu o seu último olho com Sharingan ao Kakashi, permitindo o seu amigo de usar Susanoo pela primeira e última vez na luta com Kaguya Otsutsuki.

Shin Uchiha - Foi criado pelo Orochimaru para ressuscitar a Akatsuki, mas o seu plano foi frustrado pela Sakura, pelo Sasuke e pelo Naruto (Sétimo Hokage).