Abrange a versão da SNES, o seu Remake e os seus Ports. Contém acontecimentos anteriores e posteriores a Mega Man X, em jogos como:
- Mega Man 2 The Power Fighters
- Mega Man Maverick Hunter X The Day of Sigma
- Mega Man X2
- Mega Man X4
Thomas Light trabalhou no projecto de robôs que possam pensar por si próprios, terem emoções e agir de livre arbítrio. Light m0rr3u de causas naturais ao deixar Mega Man X inacabado mas Light teve uma pequena conversa com o X sobre o futuro que espera por ele e pelos Reploids e despediu-se dele.
Albert Wily também tinha começado a desenvolver o projecto de criar o robô mais forte de todos, Zero, que carregaria a missão de enfrentar e eliminar Mega Man X para agradar Wily e para prejudicar Light. Depois que Wily m0rr3 também por causas naturais, Zero também esteve selado mas o seu projecto já estava completo. Em vivo, Bass perguntou o que era esse robô que Wily estava a produzir e este respondeu que era o robô mais forte de todos, criado com Titânio que permitia dar muito mais poder a Zero de que a Bass e Treble.
100 anos passaram e Light e Wily faleceram de causas naturais.
Cain era um cientista que procurava tesouros antigos das civilizações antigas até que encontrou uma cápsula que tinha Mega Man X selado. A cápsula era usada para testar as suas funções para não ser incomodado ou perturbado durante trinta anos. Cain ficou entusiasmado com a nova invenção do Dr. Light até que decidiu concluir o projecto de Light e criou uma raça de Reploids a começar pelo Sigma. Mas depois que maioria dos Mechanoloids agiram por impulso para causar estragos, Cain criou uma polícia mundial, chamada Maverick Hunters, com objectivo de enfrentar e eliminar Reploids e Mechanoloids que se tornam Mavericks, uma condição que desregula a sua saúde mental e emocional que comprometia o seu funcionamento ao torná-los perigosos para a sociedade.
Sigma encontrou o Zero e enfrentou-o para um combate. Os seus soldados informaram que Zero tinha eliminado a unidade Garma. Sigma assumiu a responsabilidade e disse que não quer mais ninguém a ser sacrificado. Sigma enfrentou o Zero num combate corpo a corpo, mas Zero levou a melhor na sua maior parte do tempo. Zero arrancou o braço a Sigma com um pedaço do cano. O braço arrancado do Sigma tinha agarrado a sua sabre de luz. Zero tortutou Sigma com socos, pontapés e um Crossface, mas Zero tinha ligado uma LED em forma de W, que representa Wily, o seu criador, a mandá-lo procurar Mega Man X para o eliminar para satisfazer o seu falecido criador, Albert Wily. Zero ficou agonizado com essa LED com a letra W começou a agonizar com as dores de cabeça, aos berros. Sigma levantou-se e aproveitou a oportunidade de esmurrar no capacete que tinha a LED com a letra W ligada. Sigma derrotou Zero e saiu do laboratório abandonado com feridas graves. Um dos soldados ficou admirado pelo sucesso de Sigma mas depois ficou preocupado ao ver Sigma gravemente ferido. Perguntou se ele estava bem mas foi empurrado e silenciado por Sigma. Foi então que Sigma ficou infectado com o Zero Virus, implantado por Wily.
Sigma mandou Mega Man X e Zero para participarem na missão de enfrentar um Mechanoloid gigante com aparência de tarântula gigante. Zero saltou da nave para aterrar na parede do prédio sem para-quedas. X carregou o seu X-Buster para o lado esquerdo para dar um empurrão no ar e disparou no Mechanoloid mas o inimigo não sofreu ferimentos. O Chill Penguin mandou os outros soldados dispararem no Mechanoloid mas continuou inteiro. O Mechanoloid agarrou num dos soldados e X aproximou-se do Chill Penguin para apontar o seu X-Buster para o núcleo do Mechanoloid que era o seu ponto fraco. X hesitou em disparar e Chill Penguin mandou-o disparar mesmo que o soldado esteja feito de refém. Zero disparou várias vezes no Mechanoloid com a sua Military Buster mas sem sucesso, então, Sigma mete-se à frente do X e não só corta o braço do soltado, mas ataca o núcleo do Mechanoloid para o eliminar. Após o fim da missão, o soldado foi levado para reparações mas perdoou X por hesitar em disparar no núcleo do Mechanoloid que ignorou por hesitação. Sigma e Chill Penguin criticaram-no por hesitar em continuar a missão.
Zero foi para o simulador de treino para testar a sua mira com a sua Military Buster, mas só falhou 5% e teve uma pontuação de 95%. Storm Eagle aproximou-se do Zero e disse que foi pena ele ter errado 5% pois Zero era um Maverick Hunter de Rank S, enquanto X era um Maverick Hunter de Rank B. Storm Eagle pediu ao Zero para se juntar ao X e ao Chill Penguin para uma nova missão. Uma navegadora deu as instruções da missão para se dirigirem a Abel City para resolverem o caso de um ataque de Mavericks em larga escala. X e Zero foram investigar mas encontraram pistas. Zero insinuou que é um Reploid que tenha altas habilidades de combate. X e Zero foram para a base de mísseis nucleares e encontraram Sigma. Sigma aproximou-se do Zero para o atacar com a sua sabre de luz. Zero preveniu-se e prendeu o seu braço ao acusá-lo com provas que Sigma era o responsável por liderar um grupo de Mavericks. Sigma humilha Zero e X para um combate. Sigma agarrou na cabeça do Zero e manda X ligar o seu X-Buster e disparar contra Sigma senão Sigma ia acabar com o Zero. X hesitou mas largou a sua peça do X-Buster. X lembrou-se da conversa que teve com o Light quando o seu criador estava vivo. X ganhou coragem e arranhou a cara do Sigma. Sigma perfurou o seu peito com a sua sabre e atirou-o para o chão. Sigma aconselha X que a evolução precisa de sacrifício e dispara os misseis nucleares com comando remoto. Os mísseis destruíram muitos lugares do planeta Terra, incluindo Abel City e declarou guerra contra os humanos para construir uma nação só para Reploids, ao cometer um golpe de estado contra um líder político e huimano. Sigma declarou ser Maverick por vontade própria apesar de ter sido infectado pelo Zero Virus.
Sigma liberta o Vile em troca de trabalhar para ele para ajudá-lo a concretizar o sonho de construir uma nação só para Reploids. Vile aceita e junta-se a ele. Na auto-estrada de Abel City, X dirige-se para o campo de batalha onde encontra Vile que o desafia para o combate, já a conduzir na sua Battle Carrier. X perde para Vile porque os seus disparos da sua X-Buster não lhe faziam efeito então levou um tiro que o paralisava. Zero foi ao seu auxílio e disparou um tiro carregado da sua Military Buster para acudir X e arrancar o braço da Battle Armor do Vile. Vile sentiu-se obrigado em retirar-se da batalha. X lamentou que nunca iria conseguir derrotar Vile. Zero consola X e aconselha procurar peças nas quais foram projectadas para serem compatíveis com ele para se tornar tão forte como ele. Zero apoiou o X a dizer que ele consegue realizar a missão. O Zero partiu para procurar informações sobre a fortaleza do Sigma. X enfrentou os oito Mavericks enquanto obteve os oito Heart Tanks, os quatro Sub-Tanks e as quatro peças que completariam a First Armor. Já preparado e mais confiante, X derrotou:
Launch Octopus
Storm Eagle
Flame Mammoth
Chill Penguin
Spark Mandrill
Sting Chameleon
Boomer Kuwanger
Armored Armadillo
Depois de os derrotar, X foi contactado por Zero para se encontrar com ele na fortaleza do Sigma. Os dois partem para enfrentar Vile, mas Vile continua com a sua Battle Carrier para fazer frente a X e ainda manter vantagem sobre ele e o paralisar ao lhe dar um tiro. Zero, que foi capturado por Vile e preso na cápsula, parte a cápsula e agarra nas costas da Battle Carrier do Vile, activou a bomba de auto-destruição e sacrificar a sua vida para a destruir. Vile criticou o sacrifício do Zero como ilógico e burro. Vile, que sempre inferiorizou X por ser um Maverick Hunter muito fraco, desafiou-o para a batalha sem a sua Battle Carrier, na qual X foi forçado a disputá-la com ele. X conseguiu derrotar Vile e seguiu em frente. X despediu-se do Zero. As últimas palavras do Zero que disse para o X são "Tu consegues derrotar Sigma". Zero, a sangrar pela boca, m0rr3u. X ficou determinado em concluir a missão sozinho. Ao explorar a fortaleza, X ficou surpreso por ver os Mavericks que eliminou voltarem à vida pelo Sigma. X derrotou-os a todos e ainda encontrou e eliminou os Mechanoloids como a Bospider, o Rangda Bangda e o D-Rex. X encontra Sigma, que esteve acompanhado com o seu Reploid, o seu companheiro Velguarder, o cão Reploid que Sigma criou para atacar os traidores que não sejam leais a ele. X foi chamado de traidor pelo Sigma e enfrentou Velguarder. X atacou Velguarder no seu ponto fraco, a Shotgun Ice que obteve depois de enfrentar o Chill Penguin pela primeira vez. Depois de m4t4r Velguarder, X enfrenta Sigma na sua primeira forma. X desviou-se dos seus ataques e atacou-o à distância ao disparar Electric Spark, a arma do Spark Mandrill, que é a arma correspondente à fraqueza do líder dos Mavericks, Sigma. Depois de eliminar a primeira forma de Sigma, Sigma converte-se no Sigma Virus e possui o Mechanoloid gigante, passando a assumir a forma final, Wolf Sigma. Sigma disparou relâmpagos pelas mãos e chamas e bolas de energia pela boca para atacar X. X aproveitou a oportunidade para desviar dos seus ataques e conseguir saltar para uma das patas do Sigma para se atirar a ele e disparar Rolling Shield do Armored Armadillo na sua cabeça, a arma correspondente à fraqueza do Wolf Sigma. Depois do combate renhido e difícil, X elimina Sigma e foge da sua fortaleza que ruiu e ficou submersa no mar.
X lamenta pela m0rt3 dos humanos e dos Reploids que deram a sua vida para parar a guera do Sigma contra os humanos. X fica atormentado e cisma porque os Reploids lutam uns contra os outros. X descobrirá que a sua resposta está na sua X-Buster. Depois de abandonar a fortaleza e voltar à base dos Maverick Hunters, X recebe o título de Líder dos Maverick Hunters e seis meses depois, liderou a missão de encontrar os grupos de Mavericks restantes para os eliminar e colocar o fim à guerra que Sigma criou por anos. Na sua missão para eliminá-los, X recebe a mensagem do Sigma a lhe dar os parabéns por o ter derrotado e que a cada forma sua que X a derrota, Sigma possui um corpo melhor e mais forte e para se preparar. Sigma despede-se do X a dizer "vemo-nos em breve", ao anunciar o seu regresso em Mega Man X2.
