Seis meses depois, X assume a posição do líder dos Maverick Hunters e lidera um grupo especializado de Maverick Hunters para exterminar os Mavericks que Sigma criou. X derrota um Mechanoloid gigante e sai da fábrica dos Mavericks construída pelo Sigma. X enfrenta os oito Mavericks, obtém os oito Heart Tanks, os quatro Sub-Tanks e as quatro peças que formavam a Second Armor. Os Mavericks que X os enfrenta são:

- Morph Moth
- Wheel Gator
- Overdrive Ostrich
- Bubble Crab
- Magna Centipede
- Flame Stag
- Wire Sponge
- Crystal Snail

Pelo caminho, X derrota os membros que compunham o grupo X-Hunters, o grupo criado para perseguir e eliminar Mega Man X, o responsável por eliminar o seu mestre Sigma, o seu líder dos Mavericks. X derrota Agile, Violen e Serges; e recupera as três peças do Zero. X entrega as peças do Zero e Cain que preservou o chip de memória do Zero, conseguiu o reconstruir. Cain pede para ir à base dos X-Hunters para enfrentar Agile, Violen e Serges novamente enquanto ele levava o seu tempo para reactivar Zero com sucesso. X teve uma desforra e eliminou os X-Hunters. Houveram rumores que Serges era reincarnado do Albert Wily e foi responsável por reconstruir as peças do Zero pois bem sabia do projecto do Albert Wily quanto este era humano. Após a m0rt3 definitiva dos X-Hunters, incluindo Serges, a reencarnação do Albert Wily, X foi para o computador central da ilha onde X enfrentou o Magna Centipede e encontrou Sigma acompanhado pela cópia falsificada do Zero com a sua armadura negra. O Zero verdadeiro foi reconstruído e activado com sucesso e acompanhou X ao eliminar a cópia falsificada do Zero com um tiro da sua nova Z-Saber. Sigma ficou surpreendido por ver Zero de volta à vida e disse-lhe que foi feito para ser seu seguidor. Zero respondeu-lhe: "Talvez, mas eu ainda te odeio". Zero atacou Sigma e este desviou-se dos seus ataques. Zero abriu caminho para o X descer para enfrentar Sigma pessoalmente para uma nova batalha final. Sigma no seu novo corpo, Neo Sigma, perseguiu X para o atacar com as suas garras, mas X desviou-se e atacou-o com uma arma correspondente à sua fraqueza, a Sonic Slicer, que X recebeu do Overdrive Ostrich depois de o derrotar. 

Depois da derrota do Neo Sigma, Sigma assumiu a sua forma como Sigma Virus e enfrenta X pessoalmente ao reproduzir Mavericks com código ao hackear o computador central. X elimina os Mavericks que Sigma os fabricada e ainda o atacava ao usar a arma correspondente à fraqueza do Sigma Virus, a Strike Chain, que é obtida por X depois de eliminar Wire Sponge pela primeira vez. Depois de eliminar o Sigma Virus, X e Zero conseguem escapar e voltam para o quartel general dos Maverick Hunters.