Thomas Light m0rr3u de causas naturais enquanto desenvolvia o Mega Man X. Depois da sua m0rt3, X foi descoberto pelo Cain. Cain terminou o desenvolvimento do X, dando o nascimento dos Reploids, fundado por Light. Light desenvolveu o X para ser um robô pacífico para um mundo sem violência mas decide o ajudar ao lhe dar as suas partes das armaduras desenvolvidas por Light para X ser mais forte e derrotar Mavericks e o seu líder, Sigma. Sabendo que X tem de eliminar Zero para salvar a humanidade, X chama Zero de seu melhor amigo.