Buster Rod G (líder)
Mega Water S (Força Cerebral)
Hyper Storm H (Força Física)

Só o enfrentas o Buster Rod G duas vezes por jogo. No primeiro combate ele foge para ter desforra contra ti na última vez.
A Genesis Unit foi criada pelo Albert Wily especificamente para eliminar Mega Man.

O nome Genesis Unit é uma homenagem à consola da qual foi lançada originalmente pela CAPCOM, a SEGA Mega Drive, só que o nome inglês é Genesis Unit porque o nome Genesis vem da consola lançada na América do Norte em 1988, a SEGA Genesis.