Começas com um Ditto, um Pokémon que consegue se transformar num humano e que tem habilidades para construir uma utopia para os Pokémon e humanos só para lhes comunicares que o planeta está apto para os humanos voltarem e viverem novamente. 

No começo do jogo, Pokópia trata-se de um mundo pós-apocalíptico onde os humanos construíram um foguetão no espaço e fugirem do planeta Terra onde os humanos e Pokémon antigamente coexistiram. Os humanos abandonaram os Pokémon na Terra e por isso que os Pokémon como Pikachu e Snorlax perderam a sua essência e mudaram as suas formas com base nas alterações climáticas.

Peakychu é um Pikachu que perdeu o seu poder de electricidade, ficando letárgico e magro, perdendo o seu tipo Electric. Enquanto Mosslax é um Snorlax do tipo Grass e Normal, apenas ficou com o corpo cheio de musgos.

Com a ajuda do Professor Tangrowth, Ditto cria uma utopia para chamar mais Pokémon para os ajudar a trabalharem juntos com eles para restaurarem o planeta Terra e os seus biomas para chamar os humanos de volta à Terra.